Marcos Antonio è cresciuto nel settore giovanile dell'Atletico Paranaense, ma non ha mai fatto il suo esordio in prima squadra con la formazione rossonera. La situazione, in apparenza anomala, nasconde una lite tra il club e i procuratori del calciatore sfociato in una vertenza davanti al Tribunale della Fifa. Per questo motivo, il calciatore è rimasto fermo per diversi mesi. Nell’estate del 2018, il centrocampista si è trasferito in Portogallo firmando un contratto di un anno con l’Estoril Praia. Marcos Antonio ha fatto il suo esordio nella Liga portoghese il 7 ottobre 2018 contro Académica Coimbra. Nell’occasione Marcos Antonio ha confezionato due assist vincenti per i propri compagni.